Ein Pathomechanismus (auch: Pathogenese) beschreibt eine Reihe körperlicher Abläufe, die in ihrer Gesamtheit zur Entstehung und Entwicklung einer Krankheit führen. Unterschieden wird bei der Erstellung eines pathogenetischen Diagnoseurteils zwischen der kausalen und der formalen Pathogenese. Die kausale Pathogenese sucht dabei nach dem Grund, warum eine Krankheit in einem Individuum entstanden ist und zieht dafür Schadensursache, Krankheitsursache und Disposition mit in Betracht. Die formale Pathogenese dagegen sucht Antwort auf die Frage, wie eine Krankheit entstehen konnte.